پس از آنکه استقلال در بهار سال ۱۳۸۵ موفق به کسب عنوان قهرمانی در پنجمین دوره لیگ برتر شد، امیر قلعه‌نویی، سرمربی آن زمان، برنامه‌های خود را برای جذب بازیکنان موردنظرش به منظور آماده‌سازی برای لیگ قهرمانان آسیا در سال ۲۰۰۷ آغاز کرد که قرار بود از زمستان ۱۳۸۵ شروع شود. استقلالی‌ها به خوبی برای این پروژه خود را آماده کرده بودند، اما پس از اتمام جام جهانی ۲۰۰۶ و خاتمه همکاری برانکو ایوانکوویچ با تیم ملی فوتبال کشورمان، قلعه‌نویی به طرز عجیبی به عنوان سرمربی جدید تیم ملی منصوب شد و از این رو دیگر نتوانست به فعالیت‌های خود در استقلال ادامه دهد.

در این وضعیت، صمد مرفاوی که در سال‌های طولانی دستیار اول امیر بود و در تلاش برای آماده‌سازی تیم برای لیگ ششم نیز بود، در تاریخ ۱۱ مرداد ۱۳۸۵ به‌عنوان سرمربی جدید استقلال منصوب شد تا برای نخستین بار چنین مسئولیتی را در این تیم تجربه کند.

البته قلعه‌نویی به طور کامل استقلال را رها نکرد، چرا که برای او حکم ریاست بر سازمان فوتبال استقلال صادر گردید! این حکمی عجیب که در واقع عملکردی مشابه با مدیر فنی را داشت. با این حال، حضور قلعه‌نویی در استقلال در اسفند ۱۳۸۵ و پس از مشخص شدن عدم توانایی این تیم برای انجام بازی در لیگ قهرمانان آسیا به دلیل ماجرای معروف عدم ارسال به موقع لیست، به پایان رسید.

بیشتر بخوانید: فرهاد مجیدی: اسم من را بر سر استقلال و بازیکنانش چماق نکنید/ هیچ شرطی برای بازگشت نگذاشته بودم