باقری از زمان بازگشت پرسپولیس از امارات در تمرینات این تیم حاضر نمی شد و همین مسئله باعث به گوش رسیدن شایعاتی در خصوص احتمال اختلاف او با برانکو و جدایی اش از پرسپولیس شد. با این حال بازگشت باقری به تمرین، به تمام این مسائل پایان داد.