یکی از کسانی که بر سید محمد خاتمی، تأثیر داشت و در واقع نوع تفکر این دو با هم تلاقی یافت و در یک مسیر به فعالیت کنار هم پرداختند، سید محمد موسوی خوئینی‌ها بود. این دو در مراکز مختلف و به‌ویژه در مجمع روحانیون مبارز با هم بودند و خاتمی در جاهای مختلفی که مسئولت داشت از جمله در وزارت ارشاد و ریاست جمهوری از شاگردان خوئینی‌ها بیشترین استفاده را در مدیریت‌ها انجام داد.
در دهه چهل، زمانی که خاتمی در دانشگاه اصفهان به تحصیل فلسفه جدید غرب پرداخته بود و رفته رفته نظریات سکولاریستی‌اندیشمندان فلسفه غرب، ذهن مسبوق به روشنفکری او را بیشتر تحت تأثیر قرار می‌داد؛ خوئینی‌ها در مسجد جوزستان نیاوران، با تفسیر ماتریالیستی قرآن، شاگردانی را تربیت می‌کرد که چپ ایران را شکل داده و بعد از انقلاب، چپ آمریکایی را به وجود آوردند و با خاتمی پای یک سفره برای اداره کشور نشستند!