نمایندگان تازه راه یافته به پارلمان که اکثر آنان سابقه حضور در نهادهای قانون‌گذاری را نداشتند و به‌زعم مرتضی آقاتهرانی، نفر اول پایداری‌ها در مجلس یازدهم «تفاوت کمیسیون و فراکسیون و طرح و لایحه» را نمی‌دانستند، ابهامات دیگری نیز در ذهن‌شان وجود داشت. ابهاماتی که سبب شد تناقض گفتاری به وضوح در صحن علنی مجلس به چشم بخورد و حتی به هیات رییسه نیز کشیده شود چنانکه رییس قوه مقننه یک سخن به میان آورد و دبیر او، چیز دیگری بگوید و در نهایت سخنگوی کمیسیون برنامه و بودجه صراحتا اعلام کند که نمایندگان نمی‌دانستند به چه چیزی در صحن علنی و هنگام بررسی کلیات لایحه بودجه رای می‌دهند.
ماجرا از آنجا آغاز شد که نوبت به رای‌گیری بر سر کلیات لایحه بودجه رسید. در آن زمان یکی از نمایندگان با صدای بلند از هیات رییسه مجلس پرسید که «چه چیز را به رای گذاشته‌اید؟» این پرسش ناظر بر آن بود که نمایندگان نمی‌دانستند هیات رییسه مجلس کلیات لایحه بودجه را به رای گذاشته یا گزارش کمیسیون تلفیق درباره بودجه را. احمد امیرآبادی فراهانی، دبیر هیات رییسه مجلس در پاسخ به این سوال گفت که «گزارش کمیسیون تلفیق است که به رای گذاشته شده است.» این اظهارنظر صریح بود و بی‌نیاز از تفسیر اما مغایر با نظر محمدباقر قالیباف. او در قامت رییس مجلس سریعا به رد گفته‌های امیرآبادی پرداخت و اظهارکرد: «نه، کلیات بودجه است» دبیر هیات رییسه مجلس نیز که از قضا یکی از نزدیک‌ترین نمایندگان به قالیباف به‌شمار می‌رود، اظهارات خود را تصحیح کرد و به تایید نظر قالیباف پرداخت اما سوال آن است که این اختلاف نظر از کجا نشأت می‌گیرد؟
قالیباف پیش از این اما اظهارات جالبی به زبان آورده بود.
او گفته بود که «براساس آیین‌نامه و نظراتی که گرفته شده و حوزه قوانین، ما کلیات لایحه بودجه را به رای می‌گذاریم و اگر رای بیاورد برای ورود به جزییات، مبنای ما گزارش کمیسیون تلفیق بودجه است اما در صورتی که لایحه رای نیاورد، لایحه رد است و دولت باید لایحه بودجه را اصلاح کند و به مجلس برگرداند.» این اظهارات سردرگمی نمایندگان را بیشتر کرد تا جایی که محمدخدابخشی، سخنگوی کمیسیون برنامه و بودجه صراحتا به «ایرنا» گفت که «برخی از نمایندگان نمی‌دانستند که به لایحه بودجه رای می‌دهند یا گزارش کمیسیون تلفیق مجلس، از این رو برخی نمایندگان اشتباهی رای دادند.» سوال آن است که این سردرگمی از بدعت هیات رییسه مجلس ایجاد شده یا بی‌تجربگی نمایندگان مجلس؟ هیچ یک از نمایندگان پاسخ روشنی به این پرسش نداده‌اند اما امیرآبادی فراهانی تلویحا تلاش کرده نظر اولیه خود را صحیح‌تر از نظر قالیباف جلوه دهد. چنانکه او به ‌ایسنا گفته است: «کلیات بودجه تلفیقی از این گزارش یا لایحه است در آیین‌نامه هم آمده که کلیات بودجه به رای گذاشته می‌شود. گزارش کمیسیون تلفیق هم تلفیقی از لایحه بودجه و اقداماتی است که کمیسیون تلفیق انجام می‌دهد.»
این بدان معناست که مجلس باید به کلیات تصویب شده در کمیسیون تلفیق بودجه رای می‌داد نه کلیات لایحه اما از قرار معلوم هیات رییسه یا در عبارتی صحیح‌تر، شخص محمدباقر قالیباف با این مساله مخالف بوده است. سید ناصر موسوی لارگانی نیز در همین زمینه به «ایسنا» گفته است: «تصمیم هیات رییسه مجلس شورای اسلامی این بوده که کلیات لایحه بودجه به رای مجلس گذاشته شود.»