این جشنواره که تاکنون ده نفر مسئولیت دبیری آن را عهده دار بوده‌اند تا پنج دوره اولش در دل جشنواره فیلم فجر برگزار می‌شد و از دوره ۶ در سال ۱۳۶۹ با دبیری علیرضا شجاع‌نوری مستقل شد و به اصفهان رفت.

شجاع نوری تا دوره‌ی نهم دبیری جشنواره را عهده‌دار بود که در این دوران جشنواره هویت مستقل و تثبیت شده‌ای پیدا کرد.

دوره‌ی ۱۰ و ۱۱جشنواره فیلم کودک به دبیری حسین پاکدل در اصفهان برگزار شد تا اینکه سال ۷۵ جشنواره به کرمان رفت و علی اصغر غلامرضایی این مسئولیت را در دوره ۱۲ عهده‌دار شد.

حسین پاکدل در دوره ۱۴ و ۱۵ نیز بار دیگر دبیری جشنواره کودک را عهده‌دار بود.

مرتضی کاظمی در دوره ۱۷ و محمد مهدی‌عسگرپور به عنوان مدیرعامل فارابی در دوره ۱۸ دیگر دبیران جشنواره فیلم کودک بوده‌اند.

علیرضا رضاداد از دوره ۱۹ تا ۲۱ و مجید شاه‌حسینی در دوره ۲۲ دیگر مدیران بنیاد سینمایی فارابی بودند که جشنواره را برپا کردند.

در دوره ۲۳ در حالیکه جعفری جلوه حکم دبیری را به نام اکبر نبوی قائم مقام فارابی زده بود با استعفا او‌، مسعود احمدیان مسئول جشنواره‌های این بنیاد دبیر شد که در دوره ۲۴ هم ادامه پیدا کرد.

سید احمد میرعلایی‌ مدیرعامل وقت فارابی بار دیگر جشنواره را از همدان به اصفهان برد و در دوره‌های ۲۵‌، ۲۶‌ و۲۷ دبیری آن را عهده دار بود.

دوره ۲۸ مهدی مسعودشاهی قائم مقام فارابی دهمین نفری بود که سکان هدایت جشنواره را بر عهده گرفت.

حکم دبیری دوره ۲۹ درحالی بنام علیرضا شجاع نوری صادر شده که پس از سالها مدیری خارج از بنیاد سینمایی فارابی عهده‌دار این مسئولیت می‌شود.