برخي از آسيب‌هاي نظام برنامة ريزي توسعه به شرح زير است:
*نقش و وظايف دولت و بخش خصوصي چه بايد باشد؟ يعني تقسيم كار بين دولت و بخش خصوصي چيست؟ طبعا برنامه‌ريزان كه سابقه اقتصادي و دانش اقتصادي دارند به اين نتيجه مي‌رسن كه بازار بايد بر حوزه توليد و توزيع تفوق داشته باشد، ولي ضرورتا سياستمداران به دنبال اين مساله نيستند. راجع به اين سوالات بايد پاسخ روشني داده شود كه صرفا در سازمان مديريت و برنامه ريزي كشور، تعيين نمي‌شود. در سطحي بالاتر از آن بايد قبلا راجع به اين سوالات تصميم‌گيري شود، يعني ماهيت نظام اقتصادي را در حوزه سياسي تعيين مي‌كنند. ولي اين دوگانگي وجود دارد و مشكل‌ساز مي‌شود. اگر دقت كرده باشيد در برنامه اول جمهوري اسلامي، مجلس چهارم برخلاف دولت به هيچ وجه دنبال برنامه تعديل ساختاري نبود و برنامه از هم پاشيد. پس ميان سطوح بالاي حاكميت بايد راجع به تعامل با دنياي خارج، جايگاه بخش خصوصي، تقدم توليد بر توزيع، آمايش سرزمين و... اجماع وجود داشته باشد.
*برخي از اهداف كلي برنامه‌ها به گونه‌اي است كه در عمل تحقق آنها قابل سنجش نيست و يا عملا مجالي براي اقدامات دولتي وجود ندارد و بيشتر مي‌تواند جنبه ارشادي داشته باشد، مثل تعيين و اصلاح الگوي مصرف توسط دولت.
*حوزه نفوذ دولت در قانون اساسي بسيار گسترده تعريف شده است اما متناسب با اين افزايش حوزه نفوذ دولت در برخي موارد شاهد نگاه بدبينامه به برنامه‌ريزي در كشور بوده‌ايم كه حاصل آن در محاق ماندن برنامه‌ريزي يا به تعويق افتادن آن بوده است.
*يكي از ضعف‌هاي اصلي نظام برنامه‌ريزي كشور عدم استقرار رويكرد آينده‌پژوهي در نظام تدوين برنامه‌ها است. با توجه به تغييرات اساسي در منابع برنامه (نوسانات قيمت نفت، ميزان توليد و صادرات آن) و تغييرات شرايط محيطي (از جمله تحريم‌ها) استقرار اين رويكرد و تدوين سناريوهاي مختلف بر اساس آن ضروري است. مستقر نمودن اين رويكرد مستلزم استقرار ساختاري منسجم با مطالعاتي نظام‌مند در نظام برنامه‌ريزي است.
*حجم بالايي از اقتصاد كشور ما، بدون نظارت و مكانيسم‌هاي بازرسي حاكميتي، در دست هلدينگ‌ها و بنيادهاي بزرگ اقتصادي عمومي غيردولتي است. در نظام برنامه‌ريزي برنامه‌هاي توسعه، هيچ گاه مكانيزمي براي مشاركت آنها در برنامه توسعه در نظر گرفته نشده است.
* يك بخش از اسيب‌هاي فرآيند تدوين برمي‌گردد به ساختار سياسي كشور. در كشورهاي پيشرفته احزاف شكل گرفته‌اند و مجلس را تشكيل مي‌دهند. اين افراد ديد ملي دارند. اما در كشور ما چون احزاب شكل نگرفته‌ است، مشكل نهاد برنامه‌ريزي نيز اين است كه بايد يك تعادلي بين نهاد قانونگذار و دستگاه اجرايي ايجاد كند.
* مطلب ديگر اين است كه دولتمردان در مواردي كه مجوز دارند و وظايف قانوني و اساسنامه دستگاه‌هاي زيرمجموعه خود آنهاست، از مجلس مجوز مي‌خواهند، در حالي كه اين مجوزها را دارند. مثل اينكه دولت دوباره مي‌خواهد شرح وظايف آن دستگاه‌ها را به تصويب برساند در جريان همين جزييات گرفتاري‌هايي درست مي‌شود.
* يكي ديگر از دلايل اصلي عدم اجراي كامل برنامه‌هاي توسعه كشور آن است كه اقتصاد كشور در معرض شوك‌هاي بيروني قرار دارد. كنترل اين شوك‌ها توسط دولت مقدور نيست. از جمله اين شوك‌ها نوسانات قيمت جهاني نفت است. نوسانات اين قيمت در برخي موارد بيشتر از نوسانات بازارهاي مالي است. در برنامه سوم حساب ذخيره ارزي پيش‌بيني شده، با اينكه قانونا اين حساب منحل نشده، اما عملا كان لم يكن شده است. در حال حاضر نيز با وظايفي كه براي صندوق توسعه ملي قرار داده شده كه ۳۰ درصد درآمدهاي نفتي بدون توجه به ادوار تجاري به اين صندوق واريز مي‌شود، خود صندوق توسعه ملي را به مانعي براي برنامه‌ريزي تبديل نموده است كه اين قاعده رفتاري در برنامه ششم بايد اصلاح شود. در برنامه ششم بايد يك جدول نيازهاي ارزي تهيه و سهم دولت مشخص شود و مازاد بر آن به صندوق توسعه ملي واريز شود.
*به دليل فشارهاي گروه‌هاي ذينفع از جمله برخي پيمانكاران و سياسيون، شاهد اجراي پروژه‌هاي مازاد بر نياز كشور (مثل برخي از سدها)، و يا با مكان‌گزيني نامناسب (مثل برخي پروژه‌هاي فولادي كشور و برخي از فرودگاه‌ها) هستيم كه يا به توليد نخواهند رسيد و يا توليد آنها به صرفه نخواهد بود.
* اجراي تعداد كثيري از پروژه‌هاي عمران شهري كه فاقد توجيه اقتصادي و اجتماعي است.