برانکو ایوانکوویچ در پاییز سال ۱۳۸۱، پس از آنکه تیم ملی امید ایران را در بازی‌های آسیایی ۲۰۰۲ پوسان به قهرمانی رساند، دیگر تمایلی به ادامه کار در موقعیت خود نداشت. دلیل این امر اختلافاتی بود که در مورد مبلغ قرارداد و وظایفش با فدراسیون فوتبال پیش آمد.

این مربی اعلام کرده بود که تنها به عنوان سرمربی تیم ملی بزرگسالان ادامه خواهد داد و برای تیم امید نیاز به یک سرمربی تازه دارد. او همچنین خواسته‌هایی داشت که فدراسیون حاضر به برآورده کردن آن‌ها نشد و در نتیجه همایون شاهرخی به جای او منصوب شد، ولی نتایج حاصل از عملکرد شاهرخی در مسیر رسیدن به جام ملت‌های ۲۰۰۴ از دید جامعه فوتبال چندان رضایت‌بخش نبود.

انتقادات به شاهرخی به خصوص پس از شکست خارج از خانه در مهر سال ۸۲ مقابل اردن به عنوان نقطه عطفی در نارضایتی کارشناسان تشدید شد و سازمان تربیت بدنی تحت فشار قرار داد که حتما تغییرات لازم انجام شود. در این شرایط، برانکو بهترین گزینه شمرده می‌شد و محمد دادکان، رئیس وقت فدراسیون فوتبال، دوباره با او مذاکراتی انجام داد و توانست او را متقاعد کند تا به ایران بازگردد.

هرچند توافقات اولیه چند روز پیش از این به امضاء رسیده بود، اما در تاریخ ۱۲ مهر ۱۳۸۲، این مربی کروات رسماً دوباره مسئولیت هدایت تیم ملی ایران را بر عهده گرفت و ابراز داشت که رویای او قهرمانی ایران در جام ملت‌های ۲۰۰۴ و صعود به جام جهانی ۲۰۰۶ است.

با وجود تلاش‌های برانکو، تیم ملی ایران به جام جهانی ۲۰۰۶ راه پیدا کرد، اما به دلیل برخی حوادث غیرمنتظره‌ای که در جریان بازی نیمه نهایی رخ داد، در نهایت به مسابقه رده‌بندی رفته و موفق به کسب مقام سوم شد.

بیشتر بخوانید: اتفاق تاریخی در اردوی تیم ملی؛ تا وقتی سرمربی عوض نشود بازی نمی‌کنیم/ ملی‌پوشان در هواپیما نامه استعفا نوشتند!