پس از انتقال بدن پاک حضرت امام خمینی(ره) به مصلای تهران، انبوه جمعیت به سمت مصلی حرکت کردند و با رهبر عالیقدر خود وداع کردند. سرانجام در یک همایش تاریخی و بی نظیر از صبح شانزدهم خرداد ۶۸، با حضور چند میلیونی امت عزادار، مراسم نماز بر پیکر حضرت امام، به امامت آیت‏ اللَّه العظمی گلپایگانی برگزار شد.


پس از آن، ملت مسلمان و عزادار ایران با غم و اندوه وصف ناشدنی به دنبال پیکر مراد خویش تا بهشت زهرا حرکت کردند و آن را مشایعت کردند.

حضور گسترده مردم سوگوار به حدی بود که مراسم تدفین امام، چندین مرتبه به تعویق افتاد و سرانجام در ساعت ۱۶/۳۰ دقیقه روز شانزدهم خرداد ۱۳۶۸ در میان ناله و اندوه عزاداران خمینی، پیکر روح خدا در کنار شهیدان آرمید. امروزه، مرقد مطهر آن قائد کبیر، در کنار تربت پاک شهدا، زیارت‏گاه عاشقان حضرت روح اللَّه و میعادگاهی برای تجمع دوستداران ولایت و انقلاب اسلامی است.