طبق اعلام ایسنا؛ بنا موزه هنرهای معاصر تهران به واسطه ساختار چرخشی و هم‌تراز بودن با خیابان، در صورت انسداد جوی‌های آب، با خطر ورود سیلاب رو به رو خواهد شد. این نگرانی به ضرورت اتخاذ تدابیر پیشگیرانه جهت حفظ آثار هنری بین‌المللی موجود در مخزن تأکید می‌کند.

کامران دیبا، معمار و اولین مدیر این مجموعه، پیش‌تر درباره خطر نفوذ آب به ساختمان هشدار داده بود. علی‌رغم بررسی‌های انجام شده توسط شهرداری منطقه ۶ و عدم شناسایی خطر فوری، مسئولین پیشین همچنان ساختار خیابان کارگر و معماری مجرای آب به طبقات زیرین را یک خطر جدی قلمداد می‌کنند.

مجید ملانوروزی، رئیس سابق موزه هنرهای معاصر تهران، تصریح کرد:

«در زمان بارش، جوی‌های خیابان‌های تهران بعضاً مسدود می‌شوند و جوی‌های خیابان کارگر نیز عمق چندانی ندارند. همچنین، با توجه به هم‌سطح بودن ساختمان موزه با خیابان، در صورت مسدود شدن یکی از این جوی‌ها یا ورود بارش بیشتر از ظرفیت آن، آب می‌تواند به خیابان سرایت کرده و از آنجا به داخل موزه وارد شود.»

ملانوروزی در ادامه به ساختار داخلی ساختمان و ارزش مالی آثار اشاره کرد:

«با توجه به طراحی موزه، اگر آب به سمت ساختمان روانه شود، به صورت مارپیچی به سمت پایین حرکت کرده و به مخزن، که در پایینی‌ترین سطح موزه واقع شده است، می‌رسد. در واقع، همواره این خطر وجود دارد که اگر به هر دلیلی آب وارد موزه شود، به سمت گنجینه هدایت خواهد شد. همان‌طور که در دوره مدیریت من، زمانی که یکی از لوله‌های موزه ترکید، آب در حال سرازیر شدن به سمت گنجینه بود، که خوشبختانه این مشکل پیش از ورود آب به گنجینه کنترل شد.»

او با تأکید بر اهمیت جهانی گنجینه‌ها افزود:

«شک ندارم که هیچ تلاشی در مدیریت سیلاب‌ها در فضای شهری تهران به وقوع نخواهد پیوست. اما اگر هم احتمال کمی برای وقوع سیلاب در موزه وجود داشته باشد، بهتر است که تدابیر لازم برای این حوزه اتخاذ گردد؛ یا حتی در روزهای باران، با افزایش تعداد نگهبانان، امکان مسدودسازی مسیر آب‌های جاری فراهم شود. علی‌رغم ارزش مالی گنجینه، آثاری از برجسته‌ترین هنرمندان جهان در این مجموعه نگه‌داری می‌شود. در صورت بروز این پیش‌بینی‌ها، متأسفانه کل این گنجینه از بین خواهد رفت. من بر این باورم که اگر گنجینه آسیب ببیند، خسارت مالی حدود ۱۵ تا ۲۰ میلیارد دلار خواهد بود. همواره جای تقدیر از نگرانی آقای دیبا، به عنوان معمار و نخستین مدیر موزه وجود دارد، و یقین دارم که مدیریت کنونی موزه و آقای دبیری‌نژاد نیز با این مسائل نگران هستند و برای روزهای بارانی و شرایط بحرانی، تدابیر و برنامه‌های لازم را در نظر گرفته‌اند. من معتقدم مدیران موزه همواره در حفظ و حفاظت از این مجموعه اهتمام داشته‌اند.»